Portas USB traseiras não funcionam após iniciar o Windows

Acabei de receber uma placa-mãe da fornecedora e ao instalar o Windows para um cliente, percebi que tinha algo de estranho com o mouse e teclado USB. Eles funcionavam corretamente durante a BIOS, porém desligavam logo após o arranque da logo do Windows 7. De inicio achei que eram os drivers, então atualizei os drivers direto do site da placa-mãe e de packs de drivers, porém ambos sem exito. Então entrei na BIOS e fui verificar a ativação das portas USB e estavam ativadas. Resolvi rodar um sistema direto no CD, o Linux para ser mais especifico. e as portas USB funcionaram corretamente. Formatei a maquina novamente e nada, resolvi mudar o sistema operacional e instalei o Windows 8, mesmo assim o problema persistia. Troquei o HD e nada. Troquei o teclado, o mouse, pluguei um Pendrive e as portas traseiras nada de reconhecer. Coloquei na porta USB frontal e funcionou perfeitamente. Ja não sei mais o que fazer. Todos os drivers estão atualizados mas as 4 portas traseiras não funcionam por nada com nenhuma versão do Windows que eu instalo. No Hiren's Boot e Linux CD funcionam perfeitamente, por isso não creio que seja problema de hardware. Alguma dica?