Como formatar um pc e preservar um software imprescindível para trabalho.

Olá pessoal

Alguns meses fui fazer um serviço de manutenção no S.O de uma clinica com 2 pcs , eles reclamaram que os pcs estavam lentos e estava ruim para o trabalho no dia a dia . Resolvi fazer umas coisas básicas , como desfragmentar disco , fazer scandik , passar ccleaner e corrigir erros , além de passar antispyware '' na ocasião cheguei a tirar mais de 200 espiões que estavam no pc'' .
Deu uma melhorada boa , mas agora me ligaram dizendo que ficou ruim de novo , a tal ponto de travar o S.O .... chegou a hora de formatar?
Seria boa alternativa , visto que eles trabalham a mais de dois anos depois da última formatação , mas para fazer isso terei um grande problema , eles usam dois tipos de programas de gerenciamento de histórico de pacientes , consultas etc. feito por um outro técnico na época , que são fundamental para o funcionamento e trabalho da clinica .
O maior problema seria fazer um back-up desses dois programas , para depois formatar e coloca-los de volta para que eles possam trabalhar novamente . Como deveria fazer esse Back-up ? Os programas chegam ser mais de 1gb cada um .

Por favor me ajudem.