Problemas com o Grub

Eu tinha acabado de instalar o Arch Linux e coloquei ele na partição hd3 acho que era onde eu tinha instalado o sistema (Windows 98 na principal). Dai quando reiniciei o computador apareceu essa mensagem:

Partition table invalid or corrupt

Dai só apagando tudo pra consegui volta de novo no windows. Eu nunca tinha visto esse negócio de "em que partição você deseja instalar?", sempre coloquei na opção da mbr. Será que eu fiz algo de errado