Problema com autoconf e automake

Estou desenvolvendo uma aplicação livre e estou usando o autoconf e o automake para gerar os scripts de configuração e os Makefiles.

Porém, está ocorrendo um pequeno problema, que não impede que o software seja compilado ou algo assim, mas é uma falha um tanto "chata". Em alguns momentos, quando dou um "make clean", o configure é executado antes de os arquivos serem apagados pela regra clean. Alguém sabe o que pode estar ocorrendo?

O evento parece ser totalmente aleatório, pois ocorre só de vez em quando, e eu não consigo pensar em nada demais que eu possa ter feito para que isso ocorra.