Como usar uma página principal em PHP e o restante apenas usando include?

Pessoal é o seguinte, criei meu site em PHP, criei uma index.php com todas as formatações, códigos e scripts necessários para quando chamar uma página com o include, não precisar formatar nada apenas colocar o texto na pagina em branco e referenciar a formatação com span e etc...Usei este método para evitar que quando eu precisar alterar alguma coisa, seja designer, seja um link da barra de menus principal, eu não tenha que abrir varias páginas e alterar de uma em uma, mas agora cheguei na seguinte situação, preciso utilizar a formatação e layout da index.php para todas as minhas páginas, o que irá mudar é apenas o conteúdo que esta dentro da div "conteudo", porem como eu faço para quando abrir um link exemplo meusite.com/softwares, a página que carregar, trazer a formatação da index.php com o conteudo da pagina softwares na div "conteudo"?

Resumindo, quero usar apenas uma única index formatada para todo o site, mudando apenas o contéudo da div "conteudo"

Usei este código para abrir o conteudo dentro da div sem ter que criar outra página formatada como a index, o código funcionou perfeitamente, segue o código:

<a href="javascript://" onclick="$('#NomeDaDIV').load('NomeDaPagina.php');">

Porém com esse código, se eu acessar a página meusite.com/softwares.php irá apenas abrir a página "crua" softwares.php, e não a index.php formatada com a página softwares.php dentro da div "conteudo" (certamente não iria abrir mesmo).

Com certeza quando alguem vai fazer uma atualização em um site, não abre as 1000 páginas para alterar de uma em uma, com certeza é utilizado algum código para isso, mas não sei qual termo pesquisar.

Se alguem puder me dar uma força, será de grande adjuda, obrigado.