Dúvida no Knoppix, LILO BOOT

Fiz uma cacaca esse final de semana. Tenho 2 HDs na minha máquina. Um master com Win2000 e um slave com WinME. Fiz o download do Knoppix após ler a matéria do Morimoto. Fiquei impressionado, muito bacana a versão do Linux e o sistema de auto-detecção do hardware, funcionou perfeitamente, só não detectando o meu modem, que é um winmodem, logo isso era esperado.
Até aí tudo bem, o problema foi o seguinte: gostei tanto que resolvi instalar no meu HD. Então fiz o seguinte:
01. Desviei a inicialização da BIOS para o HD Slave;
02. No ME instalei um software chamado System Commander, que funciona como o Partition Magic, para criar as partições Linux Native e Swap;
03. Procedi a instalação normalmente, aí como o System Commander tem um gerenciador de boot, cancelei a instalação do LILO;
04. Na hora do boot, o System Commander me deu a opção do Linux, mas quando eu escolhia o Linux, ele aparecia um L e depois ia enchendo a tela com "9999999999999999..." até travar a máquina. No primeiro momento achei que o problema fosse não ter instalado o LILO, aí repeti toda a instalação e dei ok na hora de instalar o LILO.
05. Bom, depois disso se deu a porcaria... Não consigo bootar mais nem com o outro HD que tava de fora da história. Tentei bootar com CD de boot do Win98 e nem sequer detectou as partições...
Será que se eu conseguir desinstalar o LILO e as coisas podem voltar ao normal...?
Por favor alguém me ajude... tinha esse Win2000 funcionando a mais de 1 ano, todo redondinho com todo o meu hardware e softwares perfeitamente configurados... Sei que deveira ter desligado o HD por segurança, mas agora é tarde.
Ainda não me caiu a ficha...
Ajudem-me, please!!!!