Jquery no Codeigniter.

O codeigniter é um framework MVC para o PHP muito facil de aprender e agil, mas surgiu uma duvida, vi um video no youtube onde os códigos jquery são implementados na camada Model e o resultado passado como parametro para o controller e depois para a view.....a pergunta é a seguinte, não terei mais tempo de processamento do que "linkando" para um arquivo .js externo?