Iniciando pelo atalho o prompt ficará aberto e não devendo ser encerrado.
Assim que fechado o firefox ele segue para a rotina que derruba os processos e depois fecha o prompt.
Imagino assim:
@echo off
cls
cd\
echo.
echo **INICIANDO O FIREFOX, NÃO FECHE ESTA JANELA **
echo.
"c:\program files (x86)\mozilla firefox\firefox.exe"
echo.
echo.
cls
cd\
echo.
echo ** INICIANDO O GERENCIADOR, NÃO FECHE ESTA JANELA **
"C:\HADRONW\HADRON.EXE"
echo.
echo.
echo ** ENCERRANDO O GERENCIADOR, A JANELA SERÁ FECHADA AUTOMATICAMENTE **
echo.
taskkill /f /im PHADENFL.exe
taskkill /f /im PHADENFG.exe
echo.
cd\
exit