Como Efetuar Compilação Personalizado p/ qq soft instalado?

Sempre prefiro instalar aplicativos pelos fontes, eu uso Slack e já estou efetuando a recompilação do kernel para k6-2 (tenho um k6-2 500), como posso efetuar a mesma personalização para qualquer aplicativo insatalado pelos fontes? Quais arquivos devo editar e o que devo colocar neles para uma melhor compilação e por consequência um melhor desempenho?
Imagino que seja o Makefile mas é só ele? E o que precisamente devo fazer?
Muito Obrigado.
John Félix.