Como diminuir o tamanho das janelas no ambiente grafico?

Inicialmente tive problemas com a resolução no ambiente grafico porque a tela era maior que o monitor e relava com o movimento do mouse, em varios FAQs a orientação era "desabilitar" a função Virtual no XF86Config. Mas esta opção se quer aparecia no meu xf86config, então eu coloquei a resolução para 640x480... Deu jeito, mas as janelas dos aplicativos ficaram enormes e fica complicado acessar alguns botões alem da aparencia ruim.
Alguma dica de como resolver este dilema???
Valeu!