Tentei diversas coisas, desde o mini aplicativo de brilho do Gnome, até boot-code, porém finalmente consegui fazer com que o Ubuntu controlasse o brilho da tela usando os botões Fn + seta esquerda ou direita.
Para isso é necessário alterar uma linha no arquivo de configuração do grub.
sudo gedit /etc/default/grub
na linha onde está escrito:GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet splash"
substitua por:
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet acpi_osi=Linux acpi_backlight=vendor splash"
Com isso, agora a duração da bateria usando o Ubuntu (com Compiz ativado e tudo o mais) é o mesmo do Seven (com a economia de energia ativa).
Fica aí a dica.