Em lugar do Nautilus ou outro gerenciador de arquivos, eu recomendo o uso do próprio Rox-Filer ou do PCManFM, que é leve e traz bons recursos:
PCManFM
De fato não faz muito sentido utilizar o Nautilus no Fluxbox, devido ao seu elevado consumo de recursos da máquina.
De qualquer forma, para que o Nautilus não assuma a área de trabalho, abra o “Editor de configurações”, chamando-o pelo comando “gconf-editor“.
Vá em /apps/nautilus/preferences/, e desmarque as opções “exit_with_last_window” e principalmente a “show_desktop“:
Feche e pronto. Estes procedimentos também podem ser feitos via linha de comando, com:
$ gconftool -t bool /apps/nautilus/preferences/show_desktop -s false $ gconftool -t bool /apps/nautilus/preferences/exit_with_last_window -s false
Você também pode chamá-lo individualmente de forma a não assumir a área de trabalho com o comando:
$ nautilus --no-desktop
Para uma lista de aplicativos que você pode usar e que consumam poucos recursos, leia o artigo: