O Zune usa o formato MTP de armazenamento. É similar ao UMS porém mais sofisticado. Através desse sistema o Zune guarda as informações sobre as músicas como a classificação, o gênero, os artistas, as playlists. Ele também serve para coisas ruins, como o DRM. É como se o formato tivesse um banco de dados misturado com os arquivos armazenados.
Fora do Windows, o libmtp é o único jeito de se comunicar com o dispositivo. Libmtp é uma biblioteca Open Source que funciona no Linux e no Mac OS X (e em alguns outros sistemas). Existe um programa chamado XNJB, desenvolvido por Richard Low, para Mac OS X que usa essa biblioteca, o amaroK também tem suporte ao MTP no Linux. Mas, o XNJB foi escrito para funcionar com o Player Nomad da Creative, e não para o Zune. Um usuário de Mac resolveu tentar o XNJB com o Zune, e conseguiu somente ler o conteúdo, nada de transferir arquivos. O libmtp possui suporte parcial ao Zune até agora, o pessoal do site Zune Online convida donos de Zunes a ajudarem na implementação do suporte a ele no libmtp.
