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http://forumgdh.net/viewtopic.php?t=61098
Um pouco sobre o folding...
O que são proteínas e como elas são "formadas"? Proteínas são forças de trabalho da biologia -- as "nanomáquinas." Antes das proteínas poderem exercer suas funções bioquímicas, elas próprias se montam de uma forma incrível , ou se "formam." O processo de montagem de proteínas, apesar ser crítico e fundamental para praticamente toda a biologia, continua ainda um mistério. Além disso, talvez nem seja surpresa, quando as proteínas não se formam corretamente (i.e. "deformações"), podem existir consequências sérias, incluindo muitas doenças conhecidas como as doenças de Alzheimer, Vaca Louca (BSE), CJD, ALS, e Parkinson.
Para que serve o Folding@Home? Folding@Home é um projeto de computação distribuida que estuda a montagem de proteínas, deformações, agregação e doenças relacionadas. Utilizamos métodos de computação novos e computação distribuida de larga escala para simular escalas de tempo de milhares a milhões de vezes mais longas do que aquelas anteriormente conseguidos. Estas possibilidades pemite que consigamos simular a formação pela primeira vez e agora direcionar o foco para o exame de doenças relacionadas à formação de proteínas.
Como você pode ajudar ? Você pode ajudar o projeto através de um download e execução do software cliente. Os algoritmos deste software foram desenvolvidos de forma a que a cada novo computador que se associa ao projeto se consegue um aumento incomensurável na velocidade da simulação.
Depois de baixar o cliente Folding, verá que ao abrir o software, será feito o download de uma proteína (neste momento você precisa estar conectado a internet). Depois do download da proteína, você começará a processá-la automaticamente. O tempo de processamento depende do tipo de proteína e da potência da sua máquina, principalmente do processador (durante o processamento não há necessidade de estar conectado a internet). Terminado o processamento, o software irá enviar a proteína pronta para o servidor do projeto, obviamente você precisa estar conectado a internet, mas se não estiver no momento o software ficará fazendo tentativas de tempos em tempos até conseguir (mesmo você fechando o programa e abrindo-o novamente). Feito o envio, sua pontuação será atualizada no servidor e o software irá baixar outra proteína... e assim segue o ciclo.
Página Oficial http://folding.stanford.edu/
Download http://folding.stanford.edu/download.html
Estatísticas do Time (Extreme Overcloking): http://folding.extremeoverclocking.com/team_summary.php?s=&t=31912
Estatísticas do Time em F@H Stats (antigo Kakao Stats): http://fahstats.com/t.php?t=31912
Pagina oficial do time http://vspx27.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=teampage&teamnum=31912
O ID da nossa equipe é 31912 (lembre-se de colocar esse número quando for pedido o número de identificação do time). Você pode acompanhar o desempenho seu e do time do FórumGDH em qualquer um dos links de Estatísticas do Time.
obs.: Depois de completada uma proteína, é comum seu nome demorar até 1 semana para aparecer nas estatisticas. O mesmo vale para quando sua pontuação precisar ser atualizada.
Você pode conferir quanto tempo tem para terminar a proteína que está processando (conhecido como deadline), e quantos pontos sua proteína irá lhe fornecer quando terminada. Você pode conferir tudo isso visitando: http://vspx27.stanford.edu/psummary.html
Para descobrir qual proteína você atualmente está, abra o FAHlog.txt (fica na pasta do Folding@Home em Arquivos de Programas no Windows, ou na pasta onde deixou o executável do folding se estiver no Linux). Procure pela palavra Protein, um exemplo:
(...)
[11:19:07] Entering M.D.
[11:19:28] (Starting from checkpoint)
[11:19:28] Protein: p854_p53dimer854
(...)
A minha proteína é uma p854_p53dimer854, e de acordo com o site, é do tipo Gromacs, tem um deadline de 44 dias e me dá 155 pontos quando terminada.
FAQ em português, com as principais dúvidas de quem está começando: http://folding.stanford.edu/Portuguese/FAQ
Informações sobre Folding no Linux: http://www.vendomar.ee/~ivo/FAHLinux.txt
Dicas!
marcostrabucoComo configurar a versão console corretamente para conexão discada e ADSL/Cabo
User name []? Seu nome
Team number [0]?31912
Launch automatically at machine statup, installing this a service (yes/no)? [no] yes
Ask before fetching/sending work (no/yes)? [no] no
Use Internet Explorer Settings (no/yes)? [no] no
Use proxy (yes/no)? [no] no
Allow receipt of work assignments and return of results greater than 5MB in size (no/yes)? [no] no
Change advanced options (yes/no)? [no] yes
Core Priority (idle/low)? [idle] idle
CPU usage requested (5-100) [100]? 100
Disable highly optimized assembly code (no/yes) [no]? no
Pause if battery power is being used (useful for laptops) (no/yes) [no]? no
Interval, in minutes, between checkpoints (3-15) [15]? 3
Request work units without deadlines (no-pref/no/yes) [no-pref]? responda yes para conexão discada e no-pref para conexão adsl/cabo
Minimize networking -- get and submit work in batches (no/yes) [no]? responda yes para discada e no para conexão adsl/cabo
Ignore any deadline information (no/yes) [no]? yes
Machine ID ( 1-8 ) [1]? 1
Fonte: FórumPCs
SpookProteína demorada demais para o seu processador? Aniquile ela!!
Por vezes pegamos proteínas que demoram uma eternidade para alcançar o próximo frame ou aumentar apenas 1%. Apesar de serem as que dão mais pontos para o seu usuário, alguns processadores mais modestos demorariam um tempo grande o suficiente para o contribuinte folding desanimar.
A solução seria "trocar" de proteína. Basta deletar a pasta work do diretório onde está o executável do folding, e esperar ele baixar outra proteína. Se ele sempre baixar a mesma proteína, mesmo depois de ter feito isso... delete apenas metade do conteúdo da pasta work. Após isso, reinicie o folding. Não garanto 100% de certeza que funcione, mas é uma dica
Dica para Athlon XP e Duron Morgan
SampaGuyO Folding@Home usa no core Gromacs as extensões 3D Now! para otimizar o processo, mas o AthlonXP e o Duron Morgan também suportam SSE, que é mais rápido. Para quem usa a versão console, ao rodar o programa, adicione o final "-forceasm", por exemplo, C:\FAH\FAH500Console.exe -forceasm , que vai forçar a utilização do SSE. Uma proteína que estou agora caiu o tempo de uns 15 minutos para 12 minutos cada frame.
SpookVersão gráfica no Windows: Se estiver rodando a versão gráfica do folding, vá até o atalho do Folding, clique com o botão direito do mouse e vá em Propriedades. No campo objeto, vai estar o caminho para o executável do Folding, tudo entre aspas. Vá até o final deste caminho, e fora da última aspa, coloquei -forceasm, exemplo:
"C:\Arquivos de programas\Folding@Home\winFAH.exe" -forceasm
Dica para Pentium 4 HT
fbdeloInstale duas versões do folding (pelo menos uma tem q ser a console), assim ele vai tentar aproveitar o HT.
luis castilhoÉ só abrir duas vezes o console, então você coloca um como ID1 e outro como ID2.
Aí ele faz dois foldings ao mesmo tempo, como um sistema multiprocessado.
Dica Windows (1): Como colocar ele como serviço?
fbdeloComo colocar ele como serviço? (modo invisível)
A última versão do programa (5.0.2) já possui na hora da instalação uma opção para que o programa se instale como um serviço na máquina. (veja Dica Windows (3))
Dica Windows (2): Para fazer rodar como serviço no windows 98
guglePara fazer rodar como serviço no windows 98
Tem que baixar a versão gráfica ir lá no registro. Vá em iniciar, executar e digite regedit. Vá até:
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServices
e crie um novo "valor da seqüência"
e coloque o atalho onde seu f@h foi instalado .. C:\Arquivos de programas\Folding@Home\winFAH.exe
Aqui o meu roda assim "C:\Arquivos de programas\Folding@Home\winfah.exe -forceasm -verbosity 9"
Dica Windows (3): Configurando a versão console do Windows
DrakenConfigurando a versão console do Windows
Rode o Folding@Home client usando o flag -configonly:
C:\Folding\FAH502-Console.exe -configonly
Presumindo que você colocou o arquivo executável na pasta Folding no C:. Modifique se necessário o comando para indicar o local correto. No menu que se segue basta preencher os campos:
User name [unknown]? Seu Nick
Team Number [unknown]? 31912
Do not launch this program automatically, remove the service (no/yes) [no]? (para rodar como serviço, responda YES)
Ask before fetching/sending work (no/yes) [no]?
Use Internet Explorer Settings (no/yes) [no]? YES
Use proxy (yes/no) [no]?
Allow receipt of work assignments and return of work results greater than
5MB in size (such work units may have large memory demands) (no/yes) [no]?
Change advanced options (yes/no) [no]? YES
Core Priority (idle/low) [idle]? (se quiser rodar exclusivamente o Folding, responda LOW)
CPU usage requested (5-100) [100]?
Disable highly optimized assembly code (no/yes) [no]?
Pause if battery power is being used (useful for laptops) (no/yes) [no]?
Interval, in minutes, between checkpoints (3-30) [15]?
Request work units without deadlines (no-pref/no/yes) [no-pref]?
Ignore any deadline information (mainly useful if
system clock frequently has errors) (no/yes) [no]?
Machine ID ( 1-8 ) [1]?
Então é só iniciar o Folding:
C:\Folding\FAH502-Console.exe -forceasm -verbosity 9
Dica Linux (1): Rodando Folding como "serviço", mas no Linux
SpookDica pra quem quer rodar folding no Linux, sem precisar ficar com uma janela de terminal sempre aberta:
Primeiro, vamos criar este script extremamente complexo: Abra qualquer editor de textos (Kedit, Gedit, MCedit....), coloque o conteúdo abaixo e salve-o com o nome folding.
#! /bin/sh
cd /home/{user}/foldingathome
./FAH500-Linux.exe -forceasm
obs.: No lugar de {user} coloque o nome de seu usuário no Linux (que seria o nome do seu diretório home), e troque o nome da pasta foldingathome pela pasta no seu diretório HOME onde está o executável do FAH4Console-Linux.exe. Se quiser, crie uma pasta foldingathome mesmo e jogue o executável do folding lá dentro.
Agora coloque o script, caso use o KDE, na pasta /home/{user}/.kde/Autostart/ (lembrando de trocar o {user} pelo seu usuário). Após isso, iremos torná-lo um executável, afim de poder ser iniciado pelo KDE. Então, use os comandos:
cd /home/{user}/.kde/Autostart/
chmod +x folding
obs.: Não sei se o Gnome tem uma pasta de Auto-início como o KDE, ou algo semelhante. Caso descubra, eu edito aqui. Talvez dê pra colocar no arquivo .xinitrc, daê bastaria logar como usuário que ele entraria em ação quando logar com seu usuário, em qualquer gerenciador de janelas.
Feito isto, ele estará executando na próxima reinicialização do KDE.
Para visualizar o estado da proteína (número de frames decorridos), basta abrir um terminal e dar o comando:
cat foldingathome/FAHlog.txt
=/ Comando meio chato, não??? Mesmo dando TABs pra auto completar, é meio chato, principalmente por causa das maiúsculas. Para resolver isto, vamos criar um link simbólico. Abra uma janela do terminal e digite:
ln -s foldingathome/FAHlog.txt ffolding
Lembrando que o foldingathome é a pasta onde está a proteína e executável do Folding@home.
Feito isto, quando quiser visualizar o estado da proteína, basta abrir um terminal e:
cat ffolding
Após digitar dois ff, basta um TAB que ele auto completa o nome do arquivo
por Spook
Dica Linux (2): Mudando o script para usuário não KDE
SpookMudando o script para usuário não KDE
Seguindo a dica acima... ao invés de colocar o script folding no diretório Autostart do KDE, é possível colocar ele para ser executado logo quando inicia-se o Linux. Contudo, para generalizarmos a dica, se assim podemos dizer, pegaremos apenas o conteúdo do script e colocá-lo no /etc/rc.local. Basta, ao final do arquivo rc.local, adicionar as linhas:
cd /home/{user}/foldingathome
./FAH500-Linux.exe -forceasm
Lembrando que {user} deve ser trocado pelo nome do diretório home onde está a pasta foldingathome no seu computador, que contém o executável do folding. Após isso, o folding estará funcionando logo que o Linux for iniciado.
Dica Linux (3): Emulando a versão console do Windows no Linux
SpookEmulando a versão console do Windows no Linux
É conhecido que a versão do cliente folding para Windows é mais rápida que a versão Linux. Mas descobriu-se também que, mesmo emulando a versão do cliente Windows no Linux (através do Wine), ela ainda mostra-se significativamente mais rápida que a própria versão nativa do cliente folding para Linux.
Para a instalação e configuração:
Abaixe a versão console do Windows ( http://folding.stanford.edu/download.html ). Coloque ele em uma pasta no seu diretório /home para melhor organização. Instale o Wine. Foge do objetivo da dica explicar a configuração do Wine, contudo, é possível encontrar pacotes pré-compilados para a maioria das distribuições Linux, bastando apenas instalar. Aqui vai um artigo com algumas explicações sobre a configuração, se precisar: http://www.vivaolinux.com.br/artigos/verArtigo.php?codigo=126&pagina=2. Após isto, vá até o arquivo /home/{seu_usuário}/.wine/config. Procure pela linha GraphicsDriver, estará assim:
"GraphicsDriver" = "x11drv"
Modifique para:
"GraphicsDriver" = "ttydrv"
Fazendo assim o folding rodar no modo texto sem querer acessar o servidor gráfico (o X).
Agora, pra rodar o cliente, basta fazer o comando, dentro da pasta onde você deixou o cliente Windows:
wine FAH502-Console.exe -forceasm
Você pode alterar facilmente o script da Dica Linux (1), bastando alterar o último comando para o que está acima.
Importante: Se for rodar o cliente Windows com Wine pela primeira vez, faça isto manualmente (apenas na primeira vez), através de um terminal, por exemplo... logicamente pra configurar o cliente antes (veja a Dica Windows (3) )
obs.: Se encontrar algum erro nas dicas aqui colocadas, por favor comunique eu (Spook) ou qualquer um dos membros do time para alteração e correção.
Problemas conhecidos
Alguns jogos são minimizados de maneira involuntária na barra de tarefas do Windows XP, quando o usuário está usando a versão com modo gráfico do Folding@Home (que fica com o ícone ao lado do relógio do Folding@Home). Com a versão console não existe este problema. A solução é fechar o Folding@Home quando jogar, ou optar pela versão console do Folding. Este problema ocorre apenas em alguns computadores.
Avatar do Time
Como você já deve ter visto, os membros do time adotaram no seu avatar uma identificação de quem participa do time FórumGDH folding@home... o avatar é este:
Sinta-se a vontade em usá-lo se estiver participando do time. Basta salvar no seu computador o avatar, apagar o "NICK" do avatar e colocar seu nick aqui do FórumGDH (usando qualquer editor de imagens), e depois em "Perfil", no topo da tela, mudar seu avatar buscando ele salvo e alterado no seu computador. Se quiser criar seu próprio avatar também, e quiser compartilhar ele conosco, sinta-se à vontade.
