Quando há mais de um HD no PC ou há SSD mais algum HD, pode ocorrer que, durante a instalação do sistema operacional, ele coloque a inicialização em outro dispositivo que não aquele onde está sendo instalado. Pode ter ocorrido isso e o boot do sistema estar no HD que você retirou. Por isso, quando for instalar o sistema operacional no SSD, é recomendado desligar os outros dispositivos existentes, isso força o sistema a instalar o boot no dispositivo em que está sendo instalado. Isso acontece tanto com o Windows, quanto com o Linux.