Quanto a armazenar uma matriz em disco, é rápido a leitura disto?
SIm, é satisfatório porém dependente do hardware, tipo/status do dispositivo de armazenagem, da formatação do dispositivo, etc, e diante da magnitude das várias matrizes, esparsas ou não, sempre haverá penalização de tempo de processamento devido aos acessos e assim temos nova alternativa: usar a ideia/sugestão em discos virtuais...um mimo, ao menos no Linux.
...meu programa deve resolver em torno de 1.200.000 equações...
(comentários omitidos) no mínimo você precisa de hardware/software a altura e como você citou "lista ligada simples", lembre-se que DBs usam estruturas de dados muito mais eficientes.
...com Fortran é possível declarar mais vetores estáticos que C/C++ ?
Não, igual montante com perda de produtividade.
...me arrependo de desenvolver todo programa em C++
Bobagem, você acertou.

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