Deixa eu ver se entendi direito, vc quer que o pendrive faça o papel do CD de instalação do XP correto? mas o CD do XP não tem sua estrutura de arquivos em formato iso, pq vc quer transportar tais arquivos em formato iso para dentro do pendrive? tente copiar no formato original mesmo, pra ver se da certo mano..
bom de acordo com o amigo RUFOS, eu acredito que se você copiar o conteúdo do XP para o pendrive e der um boot com um disquete e depois acessar o pen teóricamente você conseguira iniciar a instalação do XP manualmente, bastaria executar o arquivo que puxa a instalação do XP
Pablo eu gostei dessa sua idéia , vou tentar fazer isso em casa, posto os resultados em breve
concordo com a resposta do felipe.
Boot pelo disquete e acesse o executável de instalação localizado na pasta do CD de instalação (agora pen driver) I386.
Se me lembro bem é o arquivo winnt32.exe, se este não rolar tente o winnt.exe