Formatar HD resolve?

Olá gente, estou com uma série de pepinos no meu HD, virus, erros, tudo de lixo que já perdi o controle de tanto adiar e ainda aparecer mais.
Meu antivirus não desinstala mais, tem um bendito krepper.3 aqui que tá me dando a maior dor de cabeça. Portanto, quero começar do zero e instalar outro sistema operacional, por exemplo o win 2000. minha dúvida é a seguinte: Gostaria de apagar tudo por uma formatação e reisntalar o novo win. Dá pra me livras deste virus infeliz e resolver alguns bugs?
O virus que se encontra nesta plataforma, mesmo depois de formatar tudo, é possivel que ela infecte o outro S.O?

Valew e fui...