Pois é, por isso que quando o assunto é voltado a servidores, modificação de unidades, volumes, Raid, migrações, clusters ou qualquer coisa voltada para servidores, levo o assunto muito a sério (não que para desktop não seja assim), mas sempre mantenho atenção máxima para servidores.
Eu uso muito o Aomei e o Acronis, faço o backup da imagem full e restauro usando um pen drive de boot para restaurar a imagem.
Deixa eu entender melhor o seu cenário de backup ai.
Você faz o backup dos arquivos desse file server, ok.
Quer fazer o backup da unidade de disco, ok.
Usa o programa nativo do Windows para isso, ok.
Esse backup da unidade de disco, vai ser feito uma só vez ou sempre, usando por exemplo o incremental?
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