Uma vantagem no uso do Linux, apontada por muitos administradores de rede, é a facilidade de administrar o sistema remotamente, tanto via linha de comando (usando o SSH) quanto com acesso à interface gráfica (usando o NX Server, o VNC ou o próprio SSH). Essa é uma necessidade básica para qualquer um que administra diversos servidores.

Hoje em dia, poucas empresas hospedam seus websites "in house", ou seja, em servidores instalados dentro da própria empresa. Quase sempre os servidores ficam hospedados em datacenters, complexos que oferecem toda a estrutura necessária para que os servidores fiquem no ar de forma confiável, incluindo links redundantes (se o link principal cai, existe um segundo de reserva), no-breaks de grande porte, geradores, refrigeração (a temperatura ambiente mais baixa ajuda os componentes a trabalharem de forma mais estável) e assim por diante.

Isso significa que apesar do servidor ser "seu", você não tem nenhum tipo de acesso físico a ele. Não pode usar o teclado ou mouse por exemplo, tudo precisa ser feito a distância. No Linux, toda a configuração do sistema, instalação de novos programas, etc. pode ser feita a partir do modo texto, o que permite configurar o servidor e mantê-lo atualizado remotamente, via SSH. Outro ponto interessante é que, apesar de ele ser uma ferramenta nativa do Unix, existem clientes SSH também para Windows e outras plataformas, permitindo que o responsável administre o servidor mesmo a partir de uma estação Windows.

Outra possibilidade interessante para o SSH é o suporte a distância. Praticamente tudo pode ser feito remotamente, desde alterações na configuração do sistema, instalação de novos programas ou atualizações de segurança, até a instalação de um novo kernel (você instala, configura o grub e em seguida reinicia a máquina torcendo para que tudo esteja correto e ela volte depois de dois minutos). É possível até mesmo fazer uma reinstalação completa do sistema remotamente. Nesse caso, você instalaria a nova cópia em uma partição separada, usando um chroot, e configuraria o gerenciador de boot para iniciá-la por default depois do reboot.

Outro uso comum, desta vez dentro das redes locais, é o uso remoto de aplicativos. Em muitas situações faz sentido instalar determinados aplicativos em um servidor central e abrir sessões remotas nos clientes. Isso permite centralizar as informações no servidor (facilitando os backups) e, ao mesmo tempo, usar menos recursos nos clientes, permitindo o uso de micros mais antigos. O exemplo mais desenvolvido é o LTSP, que permite usar micros antigos, de praticamente qualquer configuração, como clientes de um servidor rápido. Um único servidor pode atender a 20 ou até mesmo 30 clientes.