Internal Fragmentation (fragmentação interna)

Os sistemas de arquivos dividem o HD em pequenos blocos chamados clusters. O cluster é o "átomo" do HD, um arquivo grande pode ser dividido em vários clusters mas um cluster não pode armazenar mais de um arquivo, por menos que ele seja. O tamanho dos clusters varia de acordo com o sistema de arquivos e o tamanho da partição.

Ao formatar uma partição de menos de 1 GB em ReiserFS você terá clusters de 512 bytes, o mínimo possível já que este é o tamanho dos setores do HD. Ao formatar uma partição de 4 GB em FAT 32 você terá clusters de 4 KB. O recorde de tamanho de cluster é do sistema FAT 16 em partições de 2 a 4 GB (recurso oferecido pelo Windows NT 4) onde os clusters possuem incríveis 64 KB!

A fragmentação interna ocorre quando um arquivo ou fragmento de arquivo não ocupa completamente o espaço do cluster. Imagine gravar um arquivo de 1 KB numa partição de 3 GB formatada em FAT 16: o cluster ficará com 63 KB vagos, que não poderão ser usados para gravar outros arquivos. Espaço desperdiçado.

Quanto maior for o tamanho dos clusters no sistema de arquivos usado e maior for o número de arquivos pequenos armazenados, maior é o índice de fragmentação interna, que além de perda de espaço, causa perda de desempenho, já que teremos áreas vazias entre os arquivos armazenados nos discos magnéticos.